O significado jurídico da autonomia universitária é informado por fatores culturais, socioeconômicos e políticos da sociedade na qual a universidade se insere. Outro fator relevante são as referências históricas. A partir delas, é possível compreender a construção da noção legal atualmente empregada (Constituição de 1988, art. 207), as atividades que se espera que a universidade cumpra e as atuações que restringem ou fazem prosperar a autonomia universitária.
Ao refletir sobre o estabelecimento da autonomia universitária, é comum que se pense nos modelos europeus do século 13, remontando à Universidade de Bolonha – considerada a mais antiga da Europa – e à Magna Charta Universitatum. Elaborada em comemoração ao 900º aniversário da universidade italiana, a carta representou a tentativa de reunir princípios e valores formadores de uma herança comum entre as universidades europeias e se destacou por realizar a defesa dos princípios da liberdade acadêmica e da autonomia institucional.
Quando a autonomia universitária é pensada, por outro lado, a partir da história latino-americana, outros dois acontecimentos foram importantes: o Manifesto Estudantil de 1918 e o movimento de Reforma Universitária por ele impulsionada. Ambos aconteceram na Universidade Nacional de Córdoba, na Argentina. No entanto, seus ideais atravessaram os limites nacionais e inauguraram um movimento lento e ainda em curso em direção a um modelo universitário atento à realidade regional.
